Kaczyński sinh ngày 18 tháng 6 năm 1949, là anh em sinh đôi cùng trứng với Lech Kaczyński. Họ sinh ra ở Warsaw.[6] Cha của ông là Rajmund Kaczyński (1922–2005), là một kỹ sư và từng là một quân nhân thuộc Armia Krajowa trong Thế chiến thứ hai, mẹ ông là Jadwiga Kaczyńska (1926–2013), là một nhà ngữ văn học tại Viện Hàn lâm Khoa học Ba Lan.

Thuở nhỏ, ông đóng vai chính cùng người anh em của mình trong bộ phim Hai kẻ đánh cắp Mặt Trăng (O dwóch takich, co ukradli księżyc) do Ba Lan sản xuất năm 1962, dựa trên truyện thiếu nhi nổi tiếng của Kornel Makuszyński.[7]

Kaczyński học luật tại Khoa Luật và Hành chính công ở Đại học Warsaw, ông lấy bằng Tiến sĩ Luật (LL.D.) vào năm 1976 sau khi hoàn thành luận án "Vai trò của các cơ quan ở đại học trong việc quản lý các cơ sở giáo dục đại học" dưới sự hướng dẫn của Stanisław Ehrlich.[8]